HDF5_setup (hysk)

HDF5 & HDF-EOS5 のセットアップ(tar ball 使用)

過去記事: HDF5 & HDF5-EOS のセットアップ: 最終更新2017年6月25日

最近のLinuxディストリビューションでは，HDF5 のパッケージが提供されている．少なくとも，CentOS 7/8 では利用可能(chk 2021-06-14)．

また，NetCDF 4.x 系列では，HDF5 が事前インストール済みである事がデフォルト． WRF v4 系列でも事実上 default とみなせそう(未確認; 2021-06-14)．

本ページは，手動インストールしないと気が済まない人，やむを得ず手動インストールせざるを得ない人のために，コンパイル関連情報を記録したものである．

See also NetCDF セットアップ

用意するもの

Latest version (HDF5 v1.12.0)

HDF5 v1.12.0, CentOS 8.3.2011 にて手動ビルド実施(2021-06-14)．

HDF5-1.12.0.tar.bz2 (HDF5データ取扱い用のライブラリ）

前提条件

HDFインストール以前に，下記の準備がなされていることを確認する:
開発環境 (コンパイルに必要なツール群) がインストール済みである
- (CentOS 7/8の場合) yum groupinstall "Development Tools" をやっとけ
- (MacOS の場合) Xcode Command Line Tools のインストール．See also 私的Mac Tips
Cコンパイラはシステム標準の gcc
Fortran コンパイラは gfortran (実体はgcc) とする
- 使用コンパイラを環境変数 FC に設定しておく

HDF5 インストール時に関係する条件・環境変数
```
FC=gfortran
FFLAGS=" -assume byterecl -convert big_endian "
```
FFLAGS の設定は，自分の個人的ルール(バイナリデータは input/output 共に big endian に統一)に基づく．別に big endian である必要はない．

インストール手順

HDF5 本体インストールの事前準備

多くの人は，以下を飛ばして HDF5 本体から開始しても問題が生じないだろう．下記は CentOS で jpeg, szip, zlib ライブラリの手動インストールが必要な場合のみ．

jpeg ライブラリ（libjpeg.a）のインストール

$ tar xf jpegsrc.v9c.tar
$ cd jpeg-9c/
$ ./configure --prefix=/usr/local
# make ; make install

ヘッダファイル，ライブラリファイルが /usr/local/{include,lib}/ 以下にインストール．

szip のコンパイル (/usr/local/{lib,include}/ 以下にインストール）

(Linux & MacOS 共通) szip のコンパイル & インストール． (You can get a source code from SZIP Compression HDF Products; ページ右側部分の "To obtain:" から)
```
$ tar xzf szip-2.1.1.tar.gz
$ cd szip-2.1.1/
$ ./configure --prefix=/usr/local
# make ; make install
```

szip のインストール結果を確認（jpeg, szipだけならば，以下のものがあるはず）

$ \ls -l /usr/local/lib
total 5452
-rw-r--r-- 1 root root 2612572 2021-06-14 17:01 libjpeg.a
-rwxr-xr-x 1 root root     917 2021-06-14 17:01 libjpeg.la*
lrwxrwxrwx 1 root root      16 2021-06-14 17:01 libjpeg.so -> libjpeg.so.9.3.0*
lrwxrwxrwx 1 root root      16 2021-06-14 17:01 libjpeg.so.9 -> libjpeg.so.9.3.0*
-rwxr-xr-x 1 root root 1417136 2020-05-03 14:01 libjpeg.so.9.1.0*
-rwxr-xr-x 1 root root 1427048 2021-06-14 17:01 libjpeg.so.9.3.0*
-rw-r--r-- 1 root root   59802 2021-06-14 17:04 libsz.a
-rwxr-xr-x 1 root root     906 2021-06-14 17:04 libsz.la*
lrwxrwxrwx 1 root root      14 2021-06-14 17:04 libsz.so -> libsz.so.2.0.0*
lrwxrwxrwx 1 root root      14 2021-06-14 17:04 libsz.so.2 -> libsz.so.2.0.0*
-rwxr-xr-x 1 root root   52392 2021-06-14 17:04 libsz.so.2.0.0*
drwxr-xr-x 2 root root      24 2021-06-14 17:01 pkgconfig/
$ \ls -l /usr/local/include
total 104
-rw-r--r-- 1 root root  1757 2021-06-14 17:01 jconfig.h
-rw-r--r-- 1 root root 14580 2021-06-14 17:01 jerror.h
-rw-r--r-- 1 root root 14925 2021-06-14 17:01 jmorecfg.h
-rw-r--r-- 1 root root 49281 2021-06-14 17:01 jpeglib.h
-rw-r--r-- 1 root root  3470 2021-06-14 17:04 ricehdf.h
-rw-r--r-- 1 root root   960 2021-06-14 17:04 szip_adpt.h
-rw-r--r-- 1 root root  5461 2021-06-14 17:04 szlib.h

手間を減らすため，zlib はパッケージ利用．2018年以後はパッケージ使ってるけど，何も問題ない．パッケージだと動的ライブラリ(CentOS 8 なら /usr/lib64/libz.so)になる．もし静的ライブラリ(libz.a)が必要とか，どうしてもパッケージに依存したくないとか拘りがあるなら，下記でコンパイル． (You can get a source code from zlib Home Site.)
```
$ tar xf zlib-1.2.11.tar
$ cd zlib-1.2.11
$ ./configure --prefix=/usr/local
$ make ; make check
# make install
```

HDF5 本体

HDF5 1.12.0 のインストール

HDF5 1.12.0 を configure & make，/usr/local/hdf5-1.12.0_gfortran/ 以下にインストール

$ export CC=gcc
$ export F77=$FC
$ tar xjf hdf5-1.12.0.tar.bz2
$ cd hdf5-1.12.0
$ ./configure  --prefix=/usr/local/hdf5-1.12.0_gfortran  --enable-fortran  --with-szlib=/usr/local
$ make >& log_make.txt
(または make > log_make.txt 2>&1)
$ make check >& log_make_check.txt
(make check は結構待ち時間が長い．10分程度?)
$ sudo make install

シンボリックリンクを張る

ln -s /usr/local/hdf5-1.12.0_gfortran /usr/local/hdf5
※直接 /usr/local/hdf5 をインストール先としないのは，バージョンアップなどによるテストを容易にする目的があるから

環境設定

必要な情報を環境変数に追記．各個人の$HOME にある設定ファイル(~/.bashrc など)でも可だが，自分の場合， /etc/profile に書く．各自の環境次第だが，コマンドやライブラリのサーチパスの順序には気をつける(この記述の意味が分からない人は気にしなくて良い)．

### HDF5 v1.12.0
HDF5_HOME=/usr/local/hdf5
HDF5_LIB=$HDF5_HOME/lib
HDF5_INC=$HDF5_HOME/include
PATH="$HDF5_HOME/bin:$PATH"
LD_LIBRARY_PATH=${HDF5_LIB}:$LD_LIBRARY_PATH

export HDF5_HOME HDF5_INC HDF5_LIB

export LD_LIBRARY_PATH