NetCDF_setup (hysk)

NetCDF 4.x のセットアップ(tar ball 使用)

NetCDF (ver. 4.x 系列) のデータ読み出しに使うライブラリ．

一般的には，NetCDF 4.x のインストール前に HDF5 を入れておくこと． See HDF5 & HDF5-EOS のセットアップ

See also NetCDF ライブラリ・コマンドの使い方 (hysk)
WRFのセットアップ・実行にも必須． See also WRF セットアップ (hysk)

用意するもの(NetCDF 4.x 系列)

netcdf-4.3.1.1.tar.gz (入手先: NetCDF page (UCAR))

前提条件

NetCDF 4.x インストール以前に，下記の準備がなされていることを確認する:
- 開発環境がインストール済みである
  - yum groupinstall "Development Tools" "Development Libraries" をやっとけ (See yumの使い方)
- HDF5 がインストール済みである (See HDF5 セットアップ)
  - HDF5 インストール前に，szip, zlib, udunits2 などをインストールしておくと良い
Cコンパイラはシステム標準の gcc を使う．
Fortran コンパイラは Intel Fortran とする
- 使用コンパイラを環境変数 FC に設定しておく

手順

NetCDF 4.3.1.1 のインストール (gcc + ifort)

NetCDF 4.3.1.1 をコンパイル，/usr/local/netcdf-4.3.1.1_intel/ 以下にインストール

Intel compiler を使う場合

$ export FC=ifort 
$ export F90=ifort 
$ export FFLAGS=" -convert big_endian -assume byterecl"
$ export CPPFLAGS="-I/usr/local/hdf5/include -I/usr/local/include" 
$ export LDFLAGS="-L/usr/local/hdf5/lib -L/usr/local/lib"

$ ./configure --prefix=/usr/local/netcdf-4.3.1.1_intel  --enable-netcdf-4  --disable-dap
$ make >& log_make.txt
$ make check >& log_make_check.txt
# make install

"--disable-dap" オプションは，OpenDAP (ネット経由でのデータアクセス用API)のサポートを切ること．個人で使う分には，OpenDAP を使う必然性がないので外す．上記テストでは，全ての check をパスした(checked: 2014-02-07)．

シンボリックリンクを張る

$ ln -s /usr/local/netcdf-4.3.1.1_intel  /usr/local/netcdf4

※直接 /usr/local/netcdf4 などをインストール先としないのは，バージョンアップ時の動作検証を容易にする目的があるから．また，NetCDF 3.x 系列とも区別して，用途に応じて使い分けができる．

LD_LIBRARY_PATH の設定

(LD_LIBRARY_PATH が設定済みの場合)
$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/netcdf4/lib:$LD_LIBRARY_PATH
(LD_LIBRARY_PATH が未設定の場合)
$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/netcdf4/lib

※これをやっておかないと，NetCDF-Fortran (v4.2) の configure 時にエラーを起こした. CPPFLAGS で NetCDF C ライブラリの所在を指定していたのだが．新規に CentOS 6.x を設定した際に確認． See also "Building with shared libraries" in NetCDF-Fortran Version 4.2 Installation Notes. 古いPCでセットアップしたときには，LD_LIBRARY_PATH が指定してあったので，気づかなかった(checked: 2014-06-25)．

NetCDF 4.4.0 のインストール (icc + ifort)

NetCDF 4.4.0 をコンパイル，$HOME/local/netcdf-4.4.0_intel/ 以下にインストール
職場の計算機システム(NIESスカラ計算機)へのインストール．システム標準で設定されてる環境変数をリセットする必要がある．気付きにくいので要注意(checked 2016-01-29)．

C & Fortran 共に Intel compiler (13.1.0 20130121) を使う場合． OS = SuSE Enterprise Server 11.3

$ export CC=icc
$ export CXX=icpc
$ export CFLAGS=" -O3 -xHost -ip -no-prec-div -static-intel "
$ export FC=ifort 
$ export F90=ifort 
$ export FFLAGS="-O3 -xHost -ip -no-prec-div -static-intel  -convert big_endian -assume byterecl"
$ export CPPFLAGS="-I$HOME/local/hdf5/include -I$HOME/local/include" 
$ export LDFLAGS="-L$HOME/local/hdf5/lib -L$HOME/local/lib"

$ ./configure --prefix=$HOME/local/netcdf-4.4.0_intel  --enable-netcdf-4  --disable-dap
$ make >& log_make.txt
$ make check >& log_make_check.txt
# make install

シンボリックリンクを張る

$ ln -s $HOME/local/netcdf-4.4.0_intel  $HOME/local/netcdf4

※直接 $HOME/local/netcdf4 などをインストール先としないのは，コンパイラ変更時 or バージョンアップ時の動作検証を容易にする目的があるから．また，NetCDF 3.x 系列とも区別して，用途に応じて使い分けができる．

LD_LIBRARY_PATH の設定

(LD_LIBRARY_PATH が設定済みの場合)
$ export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/local/netcdf4/lib:$LD_LIBRARY_PATH
(LD_LIBRARY_PATH が未設定の場合)
$ export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/local/netcdf4/lib

NetCDF-Fortran (v4.2) をコンパイル，/usr/local/netcdf4/ 以下にインストール

$ tar xzf netcdf-fortran-4.2.tar.gz
$ cd netcdf-fortran-4.2
$ CPPFLAGS="-I/usr/local/netcdf-4.3.1.1_intel/include" LDFLAGS="-L/usr/local/netcdf-4.3.1.1_intel/lib"  \
 ./configure --prefix=/usr/local/netcdf4
$ make >& log_make.txt
$ make check >& log_make_check.txt
# make install

CPPFLAGS と LDFLAGS は，実ディレクトリを指定しないと configure error を起こした．

LD_LIBRARY_PATH 設定も入れておけ．コマンドラインからの指定では，NetCDF Cライブラリを適切に参照してくれなかった． sizeof 関数を参照できないために configure error で異常終了(checked: 2014-06-25)．

NetCDF-4 Fortran も make check で異常無し (v4.2; checked: 2014-06-25)．

必要な情報を環境変数に追記．自分の場合， /etc/profile に書いた．個人使用計算機なら，個人の$HOME にある設定ファイル(~/.bashrc など)でも可．

# for NetCDF
export NETCDF=/usr/local/netcdf4
export NETCDFHOME=$NETCDF
export PATH="$PATH:$NETCDF/bin"

if [ -z $MANPATH ] ; then
  MANPATH="${NETCDFHOME}/share/man"
else
  MANPATH="${NETCDFHOME}/share/man:${MANPATH}"
fi

動作検証環境

正常動作を検証済みの環境

CPU (installed date)	OS or distribution	kernel	C	Fortran
Intel Core i7-4770 (3.40GHz) (2014-06-25; my PC)	CentOS 7.0	3.10.0-123.el7	gcc (gfortran) 4.8.2 (20140120)	Intel Fortran 14.0.2 (64-bit)
Intel Core i5-3450S (2.80GHz)	CentOS 7.0	3.10.0-123.el7	gcc (gfortran) 4.8.2 (20140120)	Intel Fortran 12.0.2 (64-bit)
Intel Core i7-4770 (3.40GHz)	CentOS 6.5	2.6.32-431.23.3.el6	gcc (gfortran) 4.4.7 (20120313)	Intel Fortran 14.0.1 (64-bit)
Intel Core i5 (1.70GHz)	CentOS 6.5 (on VMware Fusion 5.0.4)	2.6.32-431.3.1.el6.x86_64	gcc 4.4.7 (20120313)	Intel Composer XE 2011.2.137 (64-bit) (checked: 2014-02-07)

動作が失敗する環境

特に無し

NetCDF4形式データのリスト

See also データ情報 > 長期再解析 # データファイル形式一覧

NCAR Global Climate Four-Dimensional Data Assimilation (CFDDA) Hourly 40 km Reanalysis(ds604.0)

NetCDF 3.x のセットアップ(tar ball 使用)

NetCDF 形式のデータ読み出しに使うライブラリ． ncdump などのコマンドも同梱．

作図ツールGMTでも利用．関連情報はGMT セットアップ参照 (GMT作図プログラムの例は，GMTサンプルスクリプト集参照)．

用意するもの(NetCDF 3.x 系列)

netcdf-3.6.3.tar.gz (入手先: NetCDF page (UCAR))

前提条件

NetCDFインストール以前に，下記の準備がなされていることを確認する:
開発環境がインストール済みである
- yum groupinstall "Development Tools" "Development Libraries" をやっとけ
- yum install compat-libstdc++-33 も必要
Cコンパイラはシステム標準の gcc を使う． Intel C でも warning 出るが compile 可能．どっちでも良い．
Fortran コンパイラは Intel Fortran (ifort) とする
- 使用コンパイラを環境変数 FC に設定しておく
- gfortran でも環境変数 FC, F90 に gfortran を設定するだけで，他のオプションは同じでコンパイル可能．ただし，ifort 版と gfortran 版の両方を使い分けたい場合，インストール先は別ディレクトリにする

(追記: 2013-08-05, update: 2014-02-07) MacOS の場合，なんだかんだで関連ツール群をインストールすると便利．例えば，NCview を使うには NetCDF4.x 系列，libpng, szip, udunits2, HDF5 などが必要になる．インストール順序は下記: (1) libpng & szip, (2) udunits2, (3) HDF5, (4) NetCDF 4.x.

インストール時に関係する条件・環境変数

FC=/usr/local/intel/Compiler/11.0/081/bin/intel64/ifort
FFLAGS=" -assume byterecl -convert big_endian "
CPPFLAGS=-DpgiFortran

Intel Fortran のインストール先はデフォルトと異なる (custom install してある．/opt/ 以下は好きじゃない)
FFLAGS の設定は，自分の個人的ルールに基づく．別に big endian である必要はない(はず)．

手順

NetCDF 3.6.3 のインストール

NetCDF 3.6.3 をコンパイル，/usr/local/netcdf-3.6.3/ 以下にインストール

Intel compiler を使う場合

$ export FC=ifort 
$ export F90=ifort 
$ export CPPFLAGS="-DNDEBUG -DpgiFortran" 
$ export CXX=c++
$ export CXXFLAGS="-g -O2"
$ export FFLAGS=" -convert big_endian -assume byterecl"

$ ./configure --prefix=/usr/local/netcdf-3.6.3_intel
$ make
$ make check
# make install

実際には C++ 関連は不要．なんとなくいれただけ．使わないのなら， configure のオプションに "--disable-cxx " を入れておく

シンボリックリンクを張る

$ ln -s /usr/local/netcdf-3.6.3_intel  /usr/local/netcdf

※直接 /usr/local/netcdf などをインストール先としないのは，バージョンアップ時の動作検証を容易にする目的があるから．

gfortran を使う場合

ifort 版とほぼ同じ．FC, F90 に gfortran を設定，インストール先ディレクトリに gfortran でコンパイルした事がわかるように名前付けしておく．

$ export FC=gfortran
$ export F90=gfortran
$ export CPPFLAGS="-DNDEBUG -DpgiFortran" 
$ export CXX=g++
$ export CXXFLAGS="-g -O2"
$ export FFLAGS=" -fconvert=big-endian -ffree-line-length-none "

$ ./configure --prefix=/usr/local/netcdf-3.6.3_gfortran
$ make
$ make check
# make install

実際には C++ 関連は不要．なんとなくいれただけ．使わないのなら， configure のオプションに "--disable-cxx " を入れておく

シンボリックリンクを張る

$ ln -s /usr/local/netcdf-3.6.3_gfortran  /usr/local/netcdf

※直接 /usr/local/netcdf などをインストール先としないのは，バージョンアップ時の動作検証を容易にする目的があるから．

必要な情報を環境変数に追記．自分の場合， /etc/profile に書いた．個人使用計算機なら，個人の$HOME にある設定ファイル(~/.bashrc など)でも可．

# for NetCDF
export NETCDF=/usr/local/netcdf
export NETCDFHOME=$NETCDF
export PATH="$PATH:$NETCDF/bin"

if [ -z $MANPATH ] ; then
  MANPATH="${NETCDFHOME}/share/man"
else
  MANPATH="${NETCDFHOME}/share/man:${MANPATH}"
fi

動作検証環境

正常動作を検証済みの環境

CPU (installed date)	OS or distribution	kernel	C	Fortran
Intel Xeon E5-2650 (2.00GHz) (2016-01-19; NIES scalar)	SuSE Linux ES 11.3	3.0.101-0.31	icc 13.1.0 (20130121)	Intel Fortran 13.1.0 (64-bit)
Intel Core i7-4770 (3.40GHz)	CentOS 7.0	3.10.0-123.el7	gcc (gfortran) 4.8.2 (20140120)	Intel Fortran 14.0.2 (64-bit)
Intel Core i5-3450S (2.80GHz)	CentOS 7.0	3.10.0-123.el7	gcc (gfortran) 4.8.2 (20140120)	Intel Fortran 12.0.2 (64-bit)
Intel Core i7-4770 (3.40GHz)	CentOS 6.5	2.6.32-431.23.3.el6	gcc (gfortran) 4.4.7 (20120313)	Intel Fortran 14.0.1 (64-bit)
Intel Atom 330 (1.60GHz)	CentOS 5.5	2.6.18-194.32.1.el5	gcc 4.1.2 (20110201)	Intel Fortran 11.1.056 (64-bit)
Intel Centrino	CentOS 5.3	2.6.18.164.el5	gcc 4.1.2 (20080704)	Intel Fortran 10.1.022 (32-bit)
Intel Core2Quad Q9550 (2.83GHz)	CentOS 5.3	2.6.18-128.7.1.el5.centos.plus	gcc 4.1.2 (20080704)	Intel Fortran 11.0.081 (64-bit)
Intel Xeon L5410 (2.33GHz)	CentOS 5.3	2.6.18-128.7.1.el5.centos.plus	gcc 4.1.2 (20080704)	Intel Fortran 11.1.056 (64-bit)
AMD Athlon64 X2 4400	Fedora 11	2.6.30.8-64.fc11.x86_64	gcc 4.4.1 (20090725)	Intel Fortran 11.0.081 (64-bit)

動作が失敗する環境

特に無し

NetCDF3形式データのリスト

See also データ情報 > 長期再解析 # データファイル形式一覧

NCEP/NCAR再解析(京大・生存圏研), NNR1 & NCEP2 (or R2) の2種類の長期再解析．

NetCDF 参照情報

NetCDF page (UCAR) = http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf
- The NetCDF User's Guide
Building NetCDF with the Interl compilers:
- Google にて，"NetCDF intel compile" で検索．英語ページだが，設定すべきコマンドは書かれているので，その部分だけ見ればわかる．

更新履歴

Date	Changes
2016-03-02	NetCDF3 & 4形式データ一覧を作成．データ情報 > 長期再解析へのリンクを追加．
2016-01-19	NIESスカラー計算機での NetCDF v3.6.3 のコンパイルを実施，正常インストールを確認．
2014-06-25	NetCDF v4 系列のコンパイルを実施，正常インストールを確認．
2008-XX-XX	初稿作成日，記録がないので不明．おそらく千葉大CEReSへの異動後(2008年5月以後)， Fedora 11 (released at 2009-06-09) や CentOS 5.3 (released at 2009-03-31) などの動作検証記録があるので， 2009年の後半ころだと思われる．

NetCDF_setup

NetCDF 4.x のセットアップ(tar ball 使用)

用意するもの(NetCDF 4.x 系列)

前提条件

手順

NetCDF 4.3.1.1 のインストール (gcc + ifort)

NetCDF 4.4.0 のインストール (icc + ifort)

動作検証環境

正常動作を検証済みの環境

動作が失敗する環境

NetCDF4形式データのリスト

NetCDF 3.x のセットアップ(tar ball 使用)

用意するもの(NetCDF 3.x 系列)

前提条件

インストール時に関係する条件・環境変数

手順

NetCDF 3.6.3 のインストール

動作検証環境

正常動作を検証済みの環境

動作が失敗する環境

NetCDF3形式データのリスト

NetCDF 参照情報

更新履歴

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